Las funciones que realiza la microbiota intestinal son tres: función metabólica, función de barrera intestinal y función de modulación inmunológica.
Función metabólica
Los microorganismos de la flora ayudan a procesar ciertas sustancias que no han sido digeridas en el intestino delgado, dando lugar a ácidos de cadena corta y otros que modifican el pH intestinal, favoreciendo así la absorción de oligoelementos. Esto sirve de impulso para el funcionamiento de las células del intestino.
Además, contribuye a regular el metabolismo del colesterol y constituye un aporte de energía extra para el organismo, al tiempo que sintetiza vitaminas y metaboliza sustancias tóxicas.
Función de barrera intestinal
La microbiota ejerce un potente efecto defensivo frente a la colonización de patógenos mediante varios mecanismos como: compitiendo por los nutrientes, produciendo sustancias antimicrobianas, mediante la excreción de sustancias antibióticas naturales; estimulando la secreción del mucus lo que dificulta la unión de patógenos al epitelio intestinal, segregando sustancias antimicrobianas contra los patógenos.
Función de modulación inmunológica
Las bacterias que forman la microbiota intervienen en el desarrollo del sistema inmunológico intestinal, encargado de la protección contra agente patógenos y principal fuente de células inmunitarias defensoras del organismo.